由于环境严重的污染，使得蝌蚪受到突变而成为黑多拉，并且造成极大的破坏，人类几乎束手无策，而哥吉拉也费尽了极大的心思跟他战斗，最后人类与哥斯拉一同战胜了黑多拉。

健一和海伦的父亲都是海洋学者，他和父亲一起目击了神秘的飞行物体降落在海里。4人乘坐小船去了现场，但是突然被海中的光线照射，被带到了陌生的地方。那里曾经是宇宙飞船里。出现的女性自称是吉格拉星人，为了证明